改良土壤引起辣椒死棵的病菌是土传病害，说明这些有害菌大部分是厌氧菌，通过深翻地，增施有机质，增加土壤透气性，形成一个不利于病菌繁殖和侵染的环境至关重要，本身土壤板结，积水严重，根系呼吸困难，要想不感染病害是很难的。解决这个问题可以施足作物秸秆、牛马粪、草炭土、椰糠等，坚持数年，必有好处。
选用无病苗木建议选用品牌种苗和工厂化育苗，一般说工厂化育苗操作规范严格，不是家庭作坊式育苗能比的，不提倡为了节省成本自己用田园土育苗。
减少农药用量酵素菌、多种芽孢杆菌、乳酸菌、酵母菌、放线菌、木霉菌、EM菌等许多有益微生物，强大到足以拮抗有害菌的侵染时，才能对死棵发挥作用。生物菌肥的施用一是数量要施足，一般要求为半吨左右。二是土壤不能干燥。三是减低地温，原则上不能超过42度。四是疏松肥沃的土壤有利于有益菌的增加。
