枯萎病
该病在生育早期显病较轻，自初花期开始显病，主要症状为植株叶片自下而上变黄，叶脉变褐，容易发生落叶现象。生育中后期轻则茎部一侧维管束变褐色，重则全部变褐色，植株根量少，容易拔出，根变色腐烂。该病在棚室内湿度大与连续种植时发生严重。
茎基腐病
该病多从茎基部发病，发病初期出现看凹陷白红褐色溃疡病斑，病菌扩展到茎内组织时，茎内组织变成红砖色。防治该病要物理防治与化学防治相结合。
链孢根腐病
病害发生初期，病部呈水渍状红褐色斑点，后变为暗褐色或黑褐色病斑，稍凹陷或开裂，以后逐渐扩展，致使主根腐烂或坏死，拔出时纵剖病根，维管束呈红褐色，湿度大时，茎基部呈粉红色霉状物。
生理病害
芸豆耐旱而不耐涝，喜欢土壤肥沃，疏松，透气性良好的根际环境条件，如果土壤黏重，透气性差，田间积水等环境条件，都容易引起叶片黄化、脱落，严重时发生死棵现象。过量使用化肥也能造成土壤盐离子浓度过高，易引起烂根死棵现象。
针对以上病害，可从物理防治和化学防治两方面着手：
物理防治
在整平地面基础上，起垄栽培，防止田间积水，造成沤根问题。同时增强土壤通透牲，有利于根系生长，降低病害侵染机率，提高根系的抗逆能力。
化学防治
在物理防治的基础上，采取化学防治，枯萎病可以用30%恶霉灵、络氨铜等灌根防治；茎基腐病可用倍生、甲基立枯磷防治；链孢根腐病可用消菌灵或加瑞农防治。
